本校於民國93 年8 月(93 學年度)正式成立全國唯一名稱之「生物資源研究所」(Graduate Institute of Bioresources, GIB)，招收博士班學生；近年來配合教育部高等專業人才培育政策要求與少子化嚴峻趨勢，自104 學年度改名為「農學院生物資源博士班」。目前本博士班課程規劃與研究發展係朝向「森林資源管理、農業資源材料、動物資源生產與農業生物科技」為主軸，可緊密配合政府綠能科技、生技醫藥、新農業及循環經濟等創新產業之研究發展與人才培育。