二十一世紀全世界已面臨生物科技、材料科技與能源科技的革命，生物資源利用在生物科技與綠色工程突飛猛進的時代，愈顯得重要。台灣面積雖狹小，但孕育著豐富且多樣性的生物資源，具有極高之生物資源開發利用潛力。

然而過去因追求經濟發展，已致諸多自然環境遭受破壞及生態危機。故如何消弭開發與保育之衝突，應用生物學、化學、生態學與跨領域工程學科的知識，以維持、恢復、開創優質的生態環境，建立生物資源永續發展與利用模式，乃成為當今政府施政之重大課題。

台灣南部具得天獨厚的生物資源與生態環境，全國性農業生物科技園區已在屏東縣鹽埔鄉成立，而本校亦承辦教育部補助成立農業生物技術產學合作亞太熱帶農業研究、熱帶農業研究、活性天然物技術研發等中心，未來將帶動台灣生物資源利用的新境界。

鑑於生物資源相關產業即將快速發展與各界對相關高級專業人才的迫切殷需，本校於民國92年整合農學院11個無博士班之相關系所資源，提供生物資源或農業科學相關系所碩士畢業生深造，以及相關農業生技/綠色永續產業對高級專業人才的需求，於93年8月正式成立全國唯一名稱之生物資源研究所(Graduate Institute of Bioresources, GIB)，招收博士班學生，由最初的每年3名，增加至5名。目前本博士班課程規劃與研究發展係朝向森林生物資源保育管理、生物資源廢料利用開發與農業生物技術開發為主軸。

為因應教育部對研究所師資質量基準要求，以及獨立所博士班課程安排與招生壓力，104學年度起改名為「農學院生物資源博士班」，分為森林資源管理、農業資源材料、動物資源生產與農業生物科技。